Kardynał Michael Czerny jest z pochodzenia Europejczykiem, a formacją Północnoamerykaninem. Urodził się 18 lipca 1946 roku w Brnie, wówczas w Czechosłowacji. Dwa lata później jego rodzina przeprowadziła się do Montrealu w Kanadzie. Tam uczęszczał do Loyola High School, a w 1963 roku po ukończeniu studiów wstąpił do kanadyjskiej anglojęzycznej prowincji Towarzystwa Jezusowego. Został wyświęcony na księdza 9 czerwca 1973 roku. Obronił doktorat z nauk społecznych na temat relacji między myśleniem społecznym a teologią w ramach interdyscyplinarnego programu studiów na Uniwersytecie w Chicago.
Rok później założył w Toronto jezuickie Centrum dla Wiary i Sprawiedliwości Społecznej, na którego czele stał do 1989 roku, kiedy to po zabójstwie sześciu współbraci, do którego doszło w nocy 16 listopada na Uniwersytecie Centralnoamerykańskim w San Salvadorze, zaoferował się jako ich następca. Jeszcze przed tym spędził kilka miesięcy w Czechosłowacji i we Francji w społeczności Archa, założonej przez Jeana Vaniera.
Po wyjeździe do Ameryki Środkowej pełnił funkcję dyrektora Instytutu Praw Człowieka UCA w latach 1990–1991, a w 1991 roku zajmował stanowisko wicerektora uniwersytetu. Swoim wkładem zapisał się również w ONZ, gdy w roli pośrednika uczestniczył w negocjacjach, które doprowadziły do zakończenia długoletniej wojny domowej (1980–1992) w Salwadorze.
Przez dziesięć lat (do 2002 roku) pełnił funkcję sekretarza w ramach Sekretariatu do Spraw Sprawiedliwości Społecznej przy generalnej kurii jezuitów w Rzymie. W 1995 roku uczestniczył w 34. kongregacji generalnej Towarzystwa założonego przez św. Ignacego z Loyoli i był członkiem komisji ONZ do zbadania sytuacji na Haiti w okresie kryzysu, który nastąpił po zamachu stanu wybranego prezydenta.
Z Ameryki Środkowej ojciec Czerny wyjechał do Afryki (2002–2010), gdzie założył i prowadził Afrykańską Jezuicką Sieć Pomocy wspierającą afrykańskich jezuitów zaangażowanych w poszukiwanie pomocy w obliczu pandemii wirusa HIV. W tym okresie uczył na Katolickim Uniwersytecie Wschodniej Afryki w Nairobi i współpracował z Konferencją Episkopatu Kenii.
W 2009 roku za znajomość afrykańskiego świata papież Benedykt XVI wyznaczył go ekspertem na nadzwyczajnej synodzie biskupów poświęconej temu kontynentowi, a w 2010 roku został ostatecznie powołany do Rzymu jako konsultant Papieskiej Rady Iustitia et Pax. Gdy w 2016 roku doszło do połączenia papieskich rad, „Iustitia et Pax” została włączona do Biura ds. Integralnego Rozwoju Ludzkiego. Papież Franciszek, który zarezerwował bezpośrednie kierownictwo sekcji zajmującej się wyłącznie kwestią uchodźców i migrantów, mianował ojca Czerny swoim współpracownikiem w roli podsekretarza.
W październiku 2018 roku ojciec Czerny uczestniczył w 15. zwyczajnym zgromadzeniu synodu biskupów na temat „Młodzi, wiara i rozeznawanie powołania” i został mianowany szczególnym sekretarzem sesji synodalnej dla Amazonii, która odbyła się w Watykanie od 6 do 27 października 2019 roku. Swoją rolę postrzega jako służbę dla ludów rdzennych i obronę coraz bardziej degradowanego środowiska w tym regionie. Przyczynił się również do książki opublikowanej przez Papieską Komisję dla Ameryki Łacińskiej zatytułowanej „Inwazja ruchów ludowych. „Rerum novarum” naszych czasów”.
W przeddzień konsystorza kardynalskiego, w piątek 4 października 2019 roku, otrzymał w bazylice św. Piotra święcenia biskupie przez nałożenie rąk papieża Franciszka razem z trojgiem apostolskich nuncjuszy. Jako tytularny biskupski stół przydzielono mu Benevento, z osobnym osobistym tytulem arcybiskupim. Jego tytulem kardynalskim stała się diakonia św. Archanioła Michaela w rzymskiej dzielnicy Pietralata. Do herbu kardynalskiego wybrał oprócz jezuickiego emblematu z płonącym słońcem i literami IHS także barkę na falach z czwórką czarnych sylwetek.
