Il Cardinale Michael Czerny è originario dell'Europa, ma ha una formazione nordamericana. Nacque il 18 luglio 1946 a Brno, nell'allora Cecoslovacchia. Due anni dopo, la sua famiglia si trasferì a Montreal, in Canada. Lì frequentò la Loyola High School e nel 1963, dopo aver completato gli studi, entrò nella provincia anglofona canadese della Compagnia di Gesù. Fu ordinato sacerdote il 9 giugno 1973. Ha conseguito un dottorato in scienze sociali sul tema della relazione tra pensiero sociale e teologia, all'interno di un programma di studi interdisciplinare presso l'università di Chicago.
Un anno dopo fondò a Toronto il Centre for Faith and Social Justice, di cui fu direttore fino al 1989, quando si offrì come successore dopo l'assassinio di sei confratelli, avvenuto nella notte del 16 novembre all'Università Centroamericana di San Salvador. Prima di ciò, trascorse alcuni mesi in Cecoslovacchia e in Francia nella comunità Arca, fondata da Jean Vanier.
Dopo il trasferimento in America Centrale, operò come direttore dell'Istituto per i diritti umani UCA dal 1990 al 1991 e nel 1991 ricoprì l'incarico di vice-rettore dell'università. Ha anche dato il suo contributo all'ONU, partecipando in qualità di mediatore ai colloqui che portarono alla fine di una lunga guerra civile (1980-1992) in El Salvador.
Per dieci anni (fino al 2002) fu segretario all'interno del Segretariato per la giustizia sociale presso la Curia generale dei gesuiti a Roma. Nel 1995 partecipò alla 34ª Congregazione Generale della Compagnia fondata da Sant'Ignazio di Loyola e fu membro della commissione dell'ONU per l'inchiesta sulla situazione ad Haiti nel periodo di crisi che seguì il colpo di stato contro il presidente eletto.
Dall'America Centrale, padre Czerny si trasferì in Africa (2002-2010), dove fondò e guidò la Rete africana di aiuto dei gesuiti, sostenendo i gesuiti africani impegnati nella ricerca di aiuto per la diffusione pandemica del virus HIV. In questo periodo insegnò all'Università Cattolica dell'Africa Orientale a Nairobi e collaborò con la Conferenza Episcopale del Kenya.
Nel 2009, grazie alla sua familiarità con il mondo africano, Papa Benedetto XVI lo nominò esperto nella speciale sinodo vescovile per questo continente e nel 2010 fu definitivamente chiamato a Roma come consulente del Pontificio Consiglio Giustizia e Pace. Quando nel 2016 si procedette alla fusione dei consigli pontifici, "Giustizia e Pace" fu inclusa nel Dicastero per lo sviluppo umano integrale. Papa Francesco, che riservò la direzione diretta della sezione specificamente dedicata alla questione dei rifugiati e dei migranti, nominò padre Czerny suo collaboratore nel ruolo di sottosegretario.
Nel ottobre 2018, padre Czerny partecipò alla 15ª sessione ordinaria del Sinodo dei Vescovi sul tema "Giovani, fede e discernimento vocazionale" e fu nominato segretario speciale della sessione sinodale per l'Amazzonia, che si svolse in Vaticano dal 6 al 27 ottobre 2019. La sua funzione è percepita come un servizio alle popolazioni indigene e alla difesa di un ambiente sempre più sfruttato in questa regione. Ha anche contribuito a un libro pubblicato dalla Commissione Pontificia per l'America Latina intitolato "L'Invasione dei movimenti popolari. 'Rerum novarum' del nostro tempo".
La vigilia del concistoro cardinalizio, venerdì 4 ottobre 2019, ricevette nella basilica di San Pietro l'ordinazione episcopale mediante l'imposizione delle mani di Papa Francesco, insieme a tre nunzi apostolici. Gli fu assegnato il seggio episcopale titolare di Benevento, con un titolo arcivescovile personale speciale. Il suo titolo cardinalizio divenne la diaconia di San Michele Arcangelo nel quartiere romano di Pietralata. Nel suo stemma cardinalizio scelse, oltre all'emblema gesuita con il sole fiammeggiante e le lettere IHS, anche una barca sulle onde con quattro sagome nere.
