Michael Czerny bíboros európai származású, észak-amerikai neveltetésű. 1946. július 18-án született Brünnben, a korábbi Csehszlovákiában. Két évvel később családja átköltözött Montrealba, Kanadába. Itt járt a Loyola High Schoolba, és 1963-ban, tanulmányai befejezése után belépett a kanadai angol nyelvű Jézus Társaságába. Papként 1973. június 9-én szentelték fel. Doktori disszertációját a szociális gondolkodás és a teológia kapcsolatáról írta, a chicagói egyetem interdiszciplináris tanulmányi programján belül.
Egy évvel később Torontóban megalapította a Jézusi Központot a Hitért és a Szociális Igazságosságért, amelynek élén 1989-ig állt, amikor is ahatározatot követően a hat testvére meggyilkolása után már nem tudta folytatni a munkáját. Előtte néhány hónapot Csehszlovákiában és Franciaországban töltött egy Archa közösségben, amelyet Jean Vanier alapított.
Közép-Amerikába való távozása után 1990 és 1991 között az UCA Emberi Jogi Intézet igazgatójaként dolgozott, 1991-ben pedig rektori posztot töltött be az egyetemen. Hozzájárulása az ENSZ-hez is jelentős volt, amikor közvetítőként részt vett a Salvadorban zajló hosszú polgárháború (1980–1992) lezárását célzó tárgyalásokon.
Tíz éven keresztül (2002-ig) a római jezsuiták általános kuratóriumában a Szociális Igazságossági Titkárság titkára volt. 1995-ben részt vett a Szent Ignác által alapított Jézusi Társaság 34. általános kongresszusán, és tagja volt az ENSZ Haiti helyzetének kivizsgálására létrehozott bizottságának a katonai puccs utáni válság idején.
Közép-Amerikából távozva 2002 és 2010 között Afrikában dolgozott, ahol létrehozta és vezette az Afrikai Jézuita Segélyszervezetet, amely támogatta az afrikai jezsuitákat a HIV vírus pandémiai terjedésének megakadályozásában. Ezalatt oktatott a Kelet-Afrikai Katolikus Egyetemen Nairobiban, és együttműködött Kenya Püspöki Konferenciájával.
2009-ben, az afrikai világgal való ismeretei miatt XVI. Benedek pápa szakértővé nevezte ki a különleges püspöki szinódusra erre a kontinensre, és 2010-ben végleg Rómába hívták konzultánsnak a Pápai Iustitia et Pax Tanácshoz. Amikor 2016-ban a pápai tanácsokat összevonták, az „Iustitia et Pax” beolvadt az Integrális Emberi Fejlődés Hivatalába. Ferenc pápa, aki közvetlenül irányította a menekültekkel és migránsokkal foglalkozó szekciót, Czerny atyát a helyettes államtitkárává nevezte ki.
2018 októberében Czerny atya részt vett a „Fiatalok, hit és hivatástisztázás” témájú püspöki szinódus 15. rendes ülésszakán, és különleges titkár lett az Amazonia szinódusra, amelyet 2019. október 6. és 27. között tartottak a Vatikánban. Szerepét a helyi népek és a régió egyre pusztuló környezete védelmének szolgálataként tekinti. Hozzájárult egy könyvhöz is, amelyet a Pápai Latin-Amerikai Bizottság adott ki, címe: „A népi mozgalmak inváziója. A „Rerum novarum” a mi időnkben”.
A bíborosi konzisztórium előestéjén, 2019. október 4-én, a Szent Péter-bazilikában Ferenc pápa kezének ráhelyezésével bérmálták meg, három apostoli nuncius társaságában. Tituláris püspöki székhelyének Beneventót jelölték ki, különleges személyes érseki címmel. Bíborosi címének diakóniája a római Pietralata kerületben található Szent Mihály Arkangyal diakóniája lett. A bíborosi címerébe, a tüzes nappal és az IHS betűivel díszített jezsuita embléma mellett, egy bárkát választott a hullámok között négyezer fekete siluettel.