Ačkoli budova kláštera byla při poutním kostele Panny Marie Karmelské v Kostelním Vydří postavena již v polovině 18. století – aby tu poutníkům byli k dispozici kněží každodenně, nepříznivé společenské poměry (osvícenství a vláda Josefa II.) tehdy příchodu řeholníků zabránily. Snad by jimi bývali byli bosí karmelitáni.
Ve skutečnosti byla služba při mariánské svatyni svěřena řeholnímu společenství teprve v roce 1908. Patron kostela baron Bedřich Dalberg z Dačic pozval karmelitány z Rakouska, aby se ujali duchovní správy kostela a farnosti. Nejprve tu tedy žila a působila komunita bratří německé národnosti, pak od r. 1921 až do druhé světové války jen jeden, nanejvýš dva čeští kněží karmelitáni. Karmelitánů českého původu totiž zatím více nebylo. Když se po druhé světové válce rýsovaly příznivější vyhlídky, nástup komunistů k moci je zmařil.
Od rozehnání zdejší komunity tří kněží v r. 1950 mohl v Kostelním Vydří nadále zůstat pouze jeden z nich – P. Melichar Karásek. Zemřel v roce 1985. Pak sem přicházeli karmelitáni – poslední žijící z původní trojice, P. Metoděj Minařík, i ti přijatí do řádu mezitím tajně – již jen jako poutníci.
Po změně společenských poměrů v roce 1989 předal brněnský biskup od července 1990 správu poutního místa, farnosti i klášter znovu karmelitánům – nové komunitě bratří v čele s převorem P. Cyrilem Vojtěchem Kodetem.
V současnosti pod vedením převora P. Antonína Marka Příkaského tvoří komunitu ještě čtyři bratři: P. Marian Petr Masařík, P. Václav Brož, P. Serafim J. Smejkal a br. Pavel Slováček.
Od r. 1991 je Kostelní Vydří určeno generálem řádu také jako noviciátní dům, v němž se novým zájemcům o řeholní život dostává základní přípravy.
Mimo pastorační službu ve farnosti a poutníkům v Kostelním Vydří působí bratři také v duchovní správě farností Volfířov, Lipolec, Matějovec, Český Rudolec a Kostelní Myslová. Od příchodu bosých karmelitek do bývalého františkánského kláštera v Dačicích také slouží sestrám jako zpovědníci.
Pro údržbu poutního místa a službu poutníkům mají velký význam finanční dary našich dobrodinců, zvláště formou pravidelné podpory. Svým případným darem můžete přispět na číslo účtu: 601893369/0800 u České spořitelny. Budeme Vám velmi vděční. Poutníky a dobrodince vytrvale zahrnujeme do svých modliteb a každý týden ve středu v 18:00 hodin sloužíme mši svatou za všechny poutníky a dobrodince. Na vyžádání rádi potvrdíme přijetí daru pro odpočed ze základu daně.
Od založení Karmelitánského nakladatelství se jeho činnost do značné míry odehrávala v klášteře nebo byla odtud řízena, proto i jméno Kostelní Vydří bylo dosud s nakladatelstvím úzce spojeno. Dnes je sídlo KNA v Praze v Thákurově ulici.